La prima idea della fondazione risale al 1610. Nel 1616 i religiosi posero la Croce sul sito loro offerto, in proprietà Domenico Marini. I lavori cominciarono tre mesi più tardi mentre alcuni Padri prendevano alloggio presso la famiglia Acquarone. Ma, per contrasti sorti con altri religiosi prima, e per ragioni militari poi, i lavori non poterono proseguire, anzi si dovette lasciare il luogo. Il 10 gennaio 1627 vennero poste le fondamenta su un altro fabbricato sulla proprietà del reverendo Marsucco. Giunta la fabbrica a metà, l'autorità militare ne ottenne la requisizione per trasformarla in fortezza. Il 10 luglio 1639 fu eretta la Croce sul luogo detto della Foce e nel luglio 1640 si iniziò la costruzione del convento e della chiesa. Le truppe francesi nel 1799 scacciarono i frati e ridussero il convento ad Ospedale e la chiesa a sala di adunanze. Dopo un anno, i religiosi tornarono al loro chiostro assai rovinato. Dopo la soppressione del 1810 i frati rientrarono nel convento nel marzo 1815. il luogo dovette essere ancora abbandonato a motivo delle leggi del 1866. i Cappuccini tornarono in Porto nel 1897 quando, sulla proprietà dei marchesi Gavotti, furono iniziati i lavori di costruzione della nuova chiesa e del convento, la cui prima al fu ultimata nel 1900.