Per chi desidera confessarsi, ricordiamo che il sacerdote sarà presente nel confessionale nei giorni festivi durante tutte le Messe. Per la confessione in altri orari, si prega di suonare il campanello, che si trova in Chiesa a sinistra vicino all'entrata che porta in Sacrestia.
Orario 9:00 / 12:00 - 16:00 / 18:00
Sopra un'area donata dal nobile Gian Luca Chiavari, attigua al suo palazzo, P. Tommaso da Genova, nel 1609, iniziò la fabbrica del convento che terminò nel 1611. Nel 1665 nella chiesa venne eretta la cappella di S. Felice, e al convento vennero aggiunte alcune celle. Con la soppressione del 1810 l'arciprete avanzò diritti sulla chiesa e sul convento, ed in tale occasione intervenne il Cardinale Spinola che nel 1811 decretò la chiesa sotto la sua immediata giurisdizione. Il convento si riaprì il 4 ottobre 1822. Nel 1866, l'applicazione della legge non ebbe esito per quanto riguarda i Cappuccini di S. Margherita, e ciò per la munificenza del Principe Centurione che acquistò dal Demanio chiesa e convento, dichiarando d'«essere disposto a permettere che essi [Cappuccini] continuino ad abitarlo vita loro natural durante». Ad intervalli ospitò i nostri giovani studenti. I Padri hanno anche il compito dell'assistenza dell'Ospedale locale. Dal 1975 al 30 aprile 1994 ha ospitato l'opera «Fraternità» per il sostegno di religiosi e sacerdoti in difficoltà. Attualmente rimane casa di accoglienza vocazionale e per sacerdoti e religiosi.