Deliberata, a spese del patrizio genovese, l'erezione di questo convento in data 20 gennaio 1591, sul luogo dove doveva sorgere la fabbrica fu innalzata, in segno di dominio, la croce del p: Bernardo da Cervo, Provinciale, il 21 marzo 1593.
Il 20 maggio dello stesso anno Mons. Alessandro Centurione, Arcivescovo di Genova, pose la prima pietra. Nel convento dimorò, come Provinciale San Lorenzo da Brindisi dal 1613 al 1616; e San Francesco Maria da Camporosso ("il Padre Santo"), che vi morì il 17 settembre 1866. Soppresso una prima volta nel 1810, fu il primo convento della Provincia ad essere riaperto, il 16 maggio 1815. Abbandonato poi a seguito dell'incameramento dei beni ecclesiastici nel 1866, la chiesa continuò ad essere officiata da sacerdoti diocesani. Finalmente nel 1904 vi poterono tornare alcuni religiosi, occupando pochi e angusti locali, poiché il rimanente era stato adibito a scuole pubbliche. Una parte del fabbricato venne riadattata nel 1937. Fu sede della Curia Provinciale dal 1934 al 1955. Nel 1966, la Definizione deliberò il ritorno della Curia alla SS. Concezione, ove risiede ancora oggi.